Обсерватория с несколькими небольшими телескопами заработала на пике Терскол в 1980 году. Однако вскоре стало очевидно, что для серьезных исследований требуются более мощные инструменты. В связи с этим у знаменитой немецкой фирмы «Карл Цейс Йена» заказали телескоп «Цейс-2000». Его главное зеркало имело диаметр 2000 миллиметров, а фокусное расстояние составляло 16 000 миллиметров.

В 1988-м прибор в разобранном виде доставили в Новороссийский порт, а затем перевезли к обсерватории у подножия Эльбруса, где уже смонтировали купол диаметром 20 метров. Однако из-за нехватки финансирования и распада СССР установка телескопа затянулась до 1995 года. Чтобы сохранить высокогорную научную базу в сложные для страны времена, в декабре 1992 года создали Международный центр астрономических и медико-экологических исследований. В него вошла эльбрусская станция и так приобрела международный статус.

Сегодня «Пик Терскол» — одна из ведущих обсерваторий мира в области спектроскопии высокого разрешения, где наблюдают за кометами, астероидами, планетами и Солнцем. Научный центр активно участвует в международных проектах. Например, именно здесь изучали Меркурий для создания карты поверхности планеты перед полетом станции «Мессенджер».